過去の2回のFreeBSDのアップグレードでは、XFree86のアップグレードがうまく行かず、Version 4.2.1のままでした(経緯は、4.7Rから4.9Rへのアップグレード、および 4.9Rから5.2Rへのアップグレードを参照)。その後、XFree86について、何度かpackageからのインストールやportsからのインストールを試みたのですが、途中でエラーになりうまく行きませんでした。エラーの詳細は省略しますが、過去のアップグレードの結果システムのどこかに矛盾が生じてしまったのでしょう。
そこで、思い切ってFreeBSD 5.2Rの新規インストールを行いました。今までの設定やアプリの蓄積が無くなってしまいましたが、泣く泣くあきらめました。