BIOSがIDE1のマスターHDDを認識しなくなった件は、IDEの接続変更をして解決しました。根本原因は判らないのですが、同じIDE1に今回追加したHDD2との相性の問題の様にも思われます。HDD1～3の認識順番は変わらないので、ブートローダなどの変更は不要です。IDEの構成は以下の様になりました。
【変更前】 【変更後】
・IDE1マスター HDD1(30GB) -> HDD1(30GB) WindowsXP
・IDE1スレーブ HDD2(60GB) -> DVD-RW
・IDE2マスター HDD3(80GB) -> HDD2(60GB) Ubuntu
・IDE2スレーブ DVD-RW -> HDD3(80GB) Linux(Fedora)
