MIDIの埋め込みが再生できなかった件は、故きを温ねてmozplugger!のuchさんからコメントとメールを頂き、解決しました。結果としては、以下の2点の変更でOKとなりました。
(1)"/etc/mozpluggerrc"のAudioセクションの修正controls noisy stream: timidity -Od "$file"
→以下に変更(controlsを削除)
noisy stream: timidity -Od "$file"
(2)gecko-mediaplayerをアンインストール
「システム/システム管理/Synapticパッケージマネージャー」を起動し、「gecko-mediaplayer」を検索して見つかったパッケージを「完全削除指定」で削除しました。uchさんが、いろいろ試された結果では、「gecko-mediaplayer」がインストールされていると、「mozplugger」の働きを邪魔してしまう様です。